区别如下：
1、内部构造不同。磁力魔方内部除了有中心轴、中心块，还装有磁铁，通常是磁力槽和闪变磁力舱，或者直接将磁铁黏合在魔方零件内部，有可更换磁力和不可更换磁力两种选择。而普通魔方内部结构只以中心轴、中心块为主，没有磁力的特殊加持。
2、转动速度不同。磁力魔方被嵌入磁力，就像为竞速魔方装配了一个定位器，用磁力将未转动到位的层吸引到位，从而显著提升每步转动间的衔接顺畅度，提高魔方转动速度。而在普通魔方的转动过程中，玩家手速的提升，会降低转动的到位率，从而减慢魔方转动速度。
3、转动时的噪音不同。磁力魔方一部分具有专利弹力系统，采用新型螺母、精控弹簧和弹簧槽，可以达到基本消除噪音的效果；而普通魔方在转动时，容易产生弹簧摩擦噪音。
磁力魔方因为带磁，可以防止一些手法不到位的情况发生，简单来说就是魔方相对于无磁的来说更不容易错层，也就让魔方的容错得到了一些提升，让还原过程不容易卡顿，从而让使用者有更好的体验，当然，对于速拧来说，可能还原成绩也会更好。