如何使用TMpred进行蛋白质跨膜结构预测

时间:2026-02-16 09:33:11

1、运用百度搜索TMpred,点击进入其主界面。TMpred程序可以预测跨膜区域及其方向。该算法基于天然跨膜蛋白数据库TMbase的统计分析。预测是使用几个权重矩阵的组合进行评分。

如何使用TMpred进行蛋白质跨膜结构预测

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1、在操作之前先介绍一下该界面的一些主要参数,以便理解,及防止操作过程中会出现偏差。

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1、然后前面的如格式及最短、最长跨膜螺旋疏水区长度的值不用改,但你也可以据你的需要进行修改。然后输入序列,这里有两种输入的方法,其一是直接输入SWISSPROT/TrEMBL/EMBL/EST的AC或ID号,在如图所示位置进行填写。

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1、第二种方法是直接将蛋白的氨基酸序列,粘贴至如下图所示的位置,然后点击“runTMpred”随后会进行自动计算,进入输出界面。

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1、进行结果分析:第一个表分析,即可能的跨膜螺旋区,如图包括位置、分值、片段中点位置。而表二是与第一个相对应的

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1、第三项是跨膜拓扑模型的建议,这里有建议的最优拓扑结构。如图所示

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1、以上就是采用TMpred所进行的蛋白序列跨膜结构预测,请多多分享,若是有什么不足的地方,谢谢啦~~~

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