1、首先是废水还田。中国自古有肥水不流外人田的说法，西方和日本也有禽畜废水还田的做法，就是将禽畜废水采取引进农田中，一方面解决废水对养殖场污染问题，另一方面给庄稼以充足的养料。
2、交给大自然处理。就是通过自然的氧化和微生物作用，使废水变成肥料。早几年的时候，农村每家每户门前都有一个大池，禽畜废水和生活垃圾都倒在里面，到年底的时候便积累成上好的肥田。建立沼气池也是从这一思路中，发展起来的。
3、物理处理。现代禽畜废水的处理，首先要解决固体和液体分离的问题，就是将所谓的渣滓去除。可以使用活性炭进行处理，近些年这方面发展特别迅速，采用氧化镁改性沸石、磁絮凝沉淀的方法比较普遍。
4、化学处理。现代养殖业中，抗生素等药品甚至激素的使用，使禽畜废水中的有害物质增多，不得不使用一些化学药品进行中和，使用双氧水等一些化学药剂进行氧化处理。
5、生物处理。生物处理也是从自然处理衍生而来，加强废水的综合利用，通过人工介入加速废水的生物氧化过程。采取的主要方法有好氧处理、厌氧处理和两者相结合的处理方式。
6、综合处理。大型养殖场综合使用物理、化学和生物处理方法，需要具有专业人士、设备，和一整套的处理措施。所以，对禽畜废水的处理，要根据不同情况，选择适宜的方法。
