我可以给你推荐很多个，这里面没有哪个更好的问题，只有哪个更合适的问题。
我们先来假设一下你的风格
1.如果你喜欢正经的
XMind 和 MindManager都可以，个人感觉MindManager好用一些（因为每个框在上下左右都可以增加集合），但是需付费MindManager:全球领先思维导图解决方案 思维导图神器
2.如果你喜欢黑客风、极简
ASCIIFlow：黑客最爱的制作流程图表方式 全文本易传播 Geek 风格 反璞归真
3.如果你喜欢自由、随意
EDraw Max亿图:模板丰富自由度高绘图工具 流程图、拓扑图、思维导图、组织结构图等
4.如果你喜欢在线制作
Omnigraffle:绘制流程图、思维导图、设计网页、组织头脑风暴、作为样式管理器【Mac】
5.如果你喜欢大家可以一起制作，云办公
ProcessOn：在线云办公协作绘图平台 流程图、BPMN、UML图、UI界面、iOS界面等
6.如果你懒得画图，关注点在于逻辑
Graphviz：贝尔实验室牛人开发的导图工具，所想即所得不需画图